Coronavirus
Structural Task Force

Das Team

Dr. Andrea Thorn

Gruppenleiterin
Rudolf-Virchow Zentrum, Julius-Maximilians-Universität Würzburg
Dr. Andrea Thorn ist Spezialistin für die Strukturlösung mit kristallographischen Methoden und Kryo-Elektronenmikroskopie. 

Sie hat in der Vergangenheit zu Programmen wie SHELX, ANODE und (etwas) PHASER beigetragen. Ihre Arbeitsgruppe entwickelt die Diffraktionsdaten-Analysesoftware AUSPEX, ein neuronales Netzwerk zur Sekundärstrukturannotation in Kryo-EM Dichtekarten (Haruspex) und ermöglicht anderen Wissenschaftlern die Lösung schwieriger Strukturen. 

Andrea hat eine Leidenschaft für Strukturbiologie und ist gut darin, Leute zusammenzubringen. Deswegen (unter Anderem) ist sie die Hauptkoordinatorin dieses Projektes.

Dr. Tristan Croll

Postdoc
Cambridge Institute for Medical Research, University of Cambridge
Dr. Tristan Croll ist Spezialist für die Modellierung atomarer Strukturen in schlecht aufgelösten kristallographischen und Kryo-EM-Dichtekarten und der Entwickler des Modellbauprogramms ISOLDE. 

Sein Hauptaugenmerk liegt auf der Korrektur der verschiedenen Fehler in der Molekülgeometrie oder bei inkorrekter Dichteinterpretation, die in schlecht aufgelösten Teilen der Dichte vorkommen, mit dem Ziel, den Modellbau bei 3 Angström auf den gleichen Standard zu bringen wie bei atomarer Auflösung. 

Er evaluiert die Strukturen, für die seine Methoden anwendbar sind (primär jene mit 2 Angström oder schlechterer Auflösung) und modelliert sie neu, wo nötig. Dabei geht Tristan sicher, dass jeder einzelne Aminosäure- oder Nukleinsäure-Rest visuell mit der Dichte verglichen wird.

Yunyun Gao

Yunyun Gao

Postdoc im Auspex-Projekt
Rudolf-Virchow Zentrum, Julius-Maximilians-Universität Würzburg
Yunyun Gao ist Methodenentwickler für Analysestrategien für Biomolekül-Daten. 

Bevor er zur Thorn-Gruppe kam, arbeitete er an SAXS/WAXS von Polymeren und Proteinen. Er will Datenanalysen objektiver und zuverlässiger zu machen. Yunyun erweitert zur Zeit die Funktionalität von Auspex

In der Coronavirus Structural Taskforce managt er die Datenbank und alles, was mit Auspex zu tun hat.
Sam Horrell

Dr. Sam Horrell

Postdoc
Diamond Light Source, Oxfordshire, Großbritannien
Dr. Sam Horrell ist Struktubiologe in der Methodenentwicklung am Teilchenbeschleuniger Diamond Light Source, insbesondere Methoden, um die Funktion von Enzymen mit Strukturfilmen besser aufklären zu können. 

Im Projekt arbeitet sich Sam durch die deponierten SARS-CoV und SARS-CoV-2-Strukturen, um das bestmögliche Modell für zukünftige Arzneimittelentwicklung zu finden. 

Er kommuniziert gerne über seine und andere Wissenschaft und hat sich an verschiedenen Science Slams und öffentlichen Vorträgen beteiligt. Unter Anderem zur heilenden Kraft von Kristallen (kristallographisches Wirkstoffdesign). 

Außerdem streamt er seine Arbeit am Coronavirus live auf Twitch.
Gianluca Santoni

Dr. Gianluca Santoni

Datenforscher für serielle Kristallographie
European Synchrotron Radiation Facility, Grenoble, Frankreich
Dr. Gianluca Santoni ist Experte für proteinkristallographische Datensammlung und -analyse. 

Nach seiner Doktorarbeit in strukturbasiertem Wirkstoffdesign hat er als Postdoc am Strahlrohr ID23-1 der European Synchrotron Radiation Facility (ESRF) gearbeitet und die SSX-Datenanalysesoftware ccCluster entwickelt. 

Mittlerweile interessiert er sich für die Optimierung von Messstrategien für die Datensammlung von mehreren Kristallen und ist außerdem der wissenschaftliche Koordinator des ISPyB-Projektes für den Zugang zu experimentellen Metadaten und automatische Prozessierung an Synchrotronquellen. 

In diesem Projekt bringt er seine Expertise in Data Mining und Datenanalyse ein. Und seinen Sinn für Humor.
Agnel Praveen Joseph

Agnel Praveen Joseph

Computational scientist
Science and Technology Facilities Councils des Vereinigten Königreichs (STFC UK)
Dr. Agnel Praveen ist Methodenentwickler im CCP-EM Team des Science and Technology Facilities Councils des Vereinigten Königreichs (STFC UK). 

Sein Hauptaugenmerk liegt auf verschiedenen Herangehensweisen um atomare Cryo-EM Modelle und Rekonstruktionsdichten zu interpretieren und zu bewerten. Ebenso gehören computerbasierte Methoden zur Interpretation von Cryo-ET Daten zu seinem Abeitsfeld. Zusammen mit fünf anderen Gruppen in Großbritannien arbeitet er an der Entwicklung und der Einbettung einer Benutzeroberfläsche für die Validierung in verschiedenen Auflösungsbereichen in CCP-EM. 

In der Task-Force überprüft Agnel vor allem die Cryo-EM Strukturen.
Dale Tronrud

Dale Tronrud

Wissenschaftler
Dr. Dale Tronrud löst Proteinkristallstrukturen und entwickelt Methoden und Software zur Optimierung makromolekularer Modelle gegen Röntgendaten und chemisches Vorwissen. 

Seine Interessen umfassen Enzym-Inhibitor-Kopmplexe und Photosyntheseproteine, mit einem Schwerpunkt auf dem Fenna-Matthews-Olson Protein.
Darüberhinaus ist er auch an der Validierung und Korrektur vieler PDB Modelle beteiligt gewesen. 

Bei all diesen Projekten ist es essentiell, die richtige Chemie zu finden - und das ist auch genau das, was Dale in der Task Force macht. Außerdem weiht er gelegentlich die anderen Mitglieder in die höheren Mysterien kristallographischer Verfeinerung ein.

AG Richardson

AG Richardson
Duke University, Durham, North Carolina, USA
Das Langzeitziel der AG Richardson ist ein tieferes Verständnis der dreidimensionalen Strukturen von Proteinen und RNA zu erhalten, einschließlich ihrer Beschreibung, Einflussfaktoren, Faltung, Evolution und Regulation. Hierbei verwenden die Richardsons strukturelle Bioinformatik, makromolekulare Kristallographie, Molekülgrafik, Strukturanalyse und Methodenentwicklung, insbesondere bei der Verbesserung der Genauigkeit von molekularen Strukturen. 

Im Projekt arbeiten und bewerten sie die Geometrie der Moleküle aus Coronavirus.
Sabrina Stäb

Sabrina Stäb

Studentin der Biochemie (M.Sc.)
Rudolf-Virchow Zentrum, Julius-Maximilians-Universität Würzburg
Sabrina studiert im 2. Mastersemester Biochemie und arbeitet als Hilfswissenschaftlerin in der AG Thorn in Würzburg. 

Durch ihre Bachelorarbeit zur „Kristallisation und Strukturlösung von qualitativ hochwertigen Strukturen für MAD-Experimente“ konnte sie reichlich Erfahrung im Bereich Kristallographie sammeln und bringt diese nun im Projekt ein. 

Wenn sie nicht gerade wegen Corona daheim bleiben muss, verbringt sie ihre Freizeit gerne mit Freunden oder im Wald beim Pilze sammeln.
Picture of Ferdinand Kirsten

Ferdinand Kirsten

Student der Biochemie (B.Sc.)
Rudolf-Virchow Zentrum, Julius-Maximilians-Universität Würzburg
Ferdinand ist seit Kurzem in der AG Thorn und wird dort im Sommer seine Bachelorarbeit über Lösungsmittelaustausch und Interaktion in makromolekularen Kristallen machen.

Als Novize in der Welt der Kristallographie und der Strukturaufklärung hilft er, wo er kann. Wobei sein Hauptaugenmerk auf Literatur- und Genom-Recherchen, sowie der Strukturverfeinerung liegt.

Auch wenn er sich eigentlich mehr als „Ich will aber was anfassen und im Labor stehen“-Typ sieht, wird er in dieser verrückten Zeit der Skype-Anrufe und des Homeoffices ja vielleicht seine verborgene Begeisterung für die Bioinformatik entdecken...
Kristopher Nolte

Kristopher Nolte

Student der Biochemie (B.Sc.)
Rudolf-Virchow Zentrum, Julius-Maximilians-Universität Würzburg
Kristopher trat der Thorn AG im Rahmen seiner Bachelorarbeit bei. In dieser Arbeit wird er AUSPEX mit Hilfe von maschinellen Lernens verfeinern.

Da aber die Coronakrise unser aller Leben zum Stillstand gebracht hat, trägt er nun zur Task Force bei, indem er seine Kenntnisse der Bioinformatik und Programmierung nutzt, um alle Coronavirus-relevanten Daten aus der Proteindatenbank (PDB) zu sammeln, zu organisieren und zu aktualisieren.

Darüber hinaus wird er die Proteine der Korona mit Hilfe bioinformatischer Werkzeuge untersuchen und seine Ergebnisse auf inside corona teilen.
Luise Kandler

Luise Kandler

Student der Biochemie (B.Sc.)
Rudolf-Virchow Zentrum, Julius-Maximilians-Universität Würzburg
Luise studiert Biochemie und ist der Taskforce während des Corona-Lockdowns beigetreten.

Diesen Sommer wird sie ihre Bachelorarbeit mit Fokus auf Computer Anwedung in der AG Thorn schreiben.

In der Taskforce nutzt sie ihr biochemisches Wissen für Literaturrecherchen und versucht die besten Visualisierungen von Molekülen des Corona Virus zu finden. Nichtsdestotrotz lernt Luise nebenbei auch Python und arbeitet mit Coot, um die neue spannende Welt der Kristallographie und Strukturanalyse zu entdecken.
Picture of Pairoh Seeliger

Pairoh Seeliger

Assistentin
Pairoh Seeliger entlastet als die (ehrenamtliche) Assistentin der Taskforce die Wissenschaftler. 

Sie kümmert sich um Medienanfragen, Sprachprobleme und logistische Aufgaben aller Art. Außerdem bewertet sie die Verständlichkeit und Sprache unserer deutschen Öffentlichkeitsarbeit. 

Sie bezeichnet sich selbst als "Mädchen für alles mit Germanistikstudium und kaufmännischer Ausbildung. Spezialität: Pfefferminztee".

Nicole Dörfel

Nicole Dörfel

Mediengestalterin
Nicole Dörfel sorgt dafür, dass wir und unsere Arbeit gut aussehen. 

Sie ist die Illustratorin, Mediengestalterin und künstlerische Seele der Task Force.
Ihren Pinsel schwingt sie sowohl im Printbereich als auch digital - stets mit der Spezialisierung auf Mediendesign. 

Für die Task Force ist Nicky vor allem zuständig für Grafikdesign, sämtliche Werbematerialien (für die Öffentlichkeitsarbeit) sowie für die Bearbeitung der Pressebilder. Sie hat außerdem das Logo entworfen.

Holger Theymann

Web Entwickler
@ssi.st – Digitale Beratung
Holger hält die Seite am Laufen. Er zaubert Daten aus wissenschaftlichen Datenbanken in hübsche Tabellen auf der Seite. Er hat außerdem ein Auge darauf, dass die Seite schnell, sicher und zuverlässig ist.

Seine Erfahrung als Software Entwickler, Software Architekt, Agiler Projektmanager und Coach hilft der Structural Taskforce dass der ganze Prozess rund läuft. Außerdem zeigt er den Mitgliedern der Taskforce, wie man bessere Blogbeiträge schreibt.

Wenn er nicht gerade unsere neuen Ideen für diese Webseite implementiert, lehrt und coacht er Menschen, wie man seine Ziele erreicht und wie man auf dem Weg dahin glücklich bleibt. Er hat sogar seine eigene Selbstmanagement-Methode entwickelt.

Momentan lernt Holger viel über Strukturelle Biologie – In diesem Fall, ein Ziel, dass er sich wohl ausnahmsweise nicht selber ausgesucht hätte...
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