Mit über 2000 Aminosäureresten ist Nsp3 ist das größte Protein des Coronavirus.
Nsp3 erfüllt viele verschiedene Aufgaben. Es wurde noch keine komplette Struktur gelöst, nur die von einzelnen Domänen, von denen Nsp3 mindestens zehn besitzt. Davon sind mehrere Transmembran-Domänen, die es in einer Bilipid-Membran verankern können.
Außerdem interagiert es auf viele verschiedene Arten mit dem Immunsystem.
Am besten erforscht ist die sogenannte Papain-like Protease-Domäne, die das Polypeptid schneidet (ähnlich wie die Hauptprotease).
Direkt nachdem das Virus in die Wirtszelle eingedrungen ist, wird das RNA-Genom von SARS-CoV-2 zuerst in ein einziges langes Protein translatiert, das sogenannte Poly-Peptid. Dieses wird dann in funktionale Untereinheiten zerschnitten.
Ohne diese Funktion kann eine Infektion der Zelle also nicht vollständig ablaufen, weshalb die Papain-like Protease-Domäne sich als Angriffspunkt für Arzneimittel besonders anbietet.